Pour la mise en œuvre de ses missions, l’Observatoire est composé de trois services techniques interdépendants et deux services administratifs. En ce qui concerne les services techniques, il s’agit du :
- Service de développement, soutien méthodologique et assurance qualité (SMAQ), en charge principalement de la réalisation des expertises rapides ou collectives sur des thématiques d’intérêt du ministère de la Santé ;
- Service d’analyse de la santé de la population (SASP), en charge principalement de l’élaboration du rapport annuel sur l’état de santé des populations ;
- Service de gestion de l’information et de l’infocentre (SGII), en charge principalement de la gestion de l’infocentre.